แต่ในปัจจุบันเริ่มมีการแบ่งกลุ่มอัญมณีเหลือเพียงแค่เป็น 2 กลุ่ม คือ เพชร (Diamond) และพลอยสี (Colored Stone) อันเป็นเพราะในอดีตมีการเรียกทับทิม, ไพลิน, และบุษราคัมว่า พลอยเนื้อแข็ง เพราะมีค่าความแข็งสูงมากทำให้ยากต่อการเจียระไนและต้องสิ้นเปลืองวัสดุในการเจียระไนมากกว่าพลอยเนื้ออ่อน และมีราคาที่สูงกว่าอัญมณีอื่นๆ เนื่องด้วยเพราะความสวยงามของสีสันและประกายที่งดงามมาก ขณะที่พลอยเนื้ออ่อนจะมีกันมากมายหลากหลายนับร้อยนับพันชนิด ดังนั้นเพื่อให้สะดวกในการเรียกชื่อพลอยจึงมีการจัดออกเป็นกลุ่มใหญ่ๆ ตามลักษณะการเกิดได้ดังนี้
- อัญมณีธรรมชาติ (Natural Stone) คือ อัญมณีที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ โดยมีทั้งที่ได้บางส่วนของสิ่งมีชีวิตที่ตายแล้วอาจมาจากพืชหรือสัตว์ แต่อัญมณีจำพวกนี้มักจะมีความแข็งแรงหรือความคงทนต่ำ เช่น อำพัน, ไข่มุก, กัลปังหา, และงาช้าง เป็นต้น และอัญมณี ธรรมชาติที่ได้จากแร่ธาตุ เช่น ทับทิม, ไพลิน, บุษราคัม, ซิทริน, และมุกดาหาร เป็นต้น
- อัญมณีปรับปรุงคุณภาพ (Treatment/Enhancement Stone) คือ อัญมณีธรรมชาติที่นำมาทำการปรับปรุงเพื่อให้ได้คุณภาพที่สวยงามมากขึ้นโดยนำมาผ่านกรรมวิธีต่างๆ เช่น การให้ความร้อน (Thermal Enhancement), การย้อมสี (Color Dyeing), การย้อมน้ำมัน (Oiling), การอาบรังสี (Irradiation), การซ่านสี (Diffusion) เป็นต้น
- อัญมณีที่มนุษย์ประดิษฐ์ (Artificial Stone) คือ อัญมณีที่ไม่ได้เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติแต่ผลิตขึ้นโดยมนุษย์ อัญมณีประดิษฐ์นี้สามารถแบ่งออกเป็น 3 ประเภทใหญ่
ก. อัญมณีสังเคราะห์ (Synthetic Stone) คือ อัญมณีที่มนุษย์ผลิตขึ้นโดยมีคุณภาพทางกายภาพ (Physical), ทางเคมี ( Chemical Composition), และทางแสง (Optical Characterisitic) เหมือนกับอัญมณีธรรมชาติ เช่น ทับทิมสังเคราะห์, ไพลินสังเคราะห์, มรกตสังเคราะห์, ฯลฯ ซึ่งมีวามแตกต่างจากอัญมณีธรรมชาติที่ลักษณะตำหนิภายใน (Inclusion) หรือปริมาณส่วนประกอบของธาตุบางชนิด
การสังเคราะห์อัญมณีบางกรรมวิธีให้ผลึกสังเคราะห์ที่มีสีและความใสสะอาดสวยงามกว่าผลึกธรรมชาติ และบางกรรมวิธีให้ผลึกที่มีตำหนิภายในเหมือนผลึกธรรมชาติ จนยากต่อการแยกแยะด้วยเครื่องมือวิเคราะห์ขั้นพื้นฐาน ต้องใช้เครื่องมือขั้นสูงตรวจสอบปริมาณแร่ธาตุของผลึก
ข.อัญมณีประดิษฐ์(Artificial Stone) เป็นอัญมณีที่มนุษย์ผลิตขึ้นโดยไม่มีคุณลักษณะที่เหมือนกับอัญมณีในธรรมชาติเลย เช่น คิวบิกเซอร์โคเนีย (เพชรรัสเซีย), แก้วทรายทอง, แย็ก (Y.A.G.) ฯลฯ
ค.อัญมณีเลียนแบบ (Imitation Stone) เป็นการนำเอาอัญมณีสังเคราะห์มาเลียนแบบอัญมณีธรรมชาติ เช่น การนำพลาสติกสีเหลืองมาเลียนแบบอัมพัน, แก้วสีเขียวเนื้อขุ่นเลียนแบบหยก, แก้วหรือพลาสติกเลียนแบบไข่มุก, พลอยสีฟ้าเนื้อทับเลียนแบบ พลอยไข่นกการเวก, พลอยสีส้มเนื้อทึบเลียนแบบกัลปังหา เป็นต้น
ง.อัญมณีที่ขึ้นรูปใหม่ (Reconstructed Stone) คือ การนำอัญมณีธรรมชาติที่มีคุณภาพต่ำ มาผ่านการะบวนการขึ้นรูปใหม่ ทำให้ได้อัญมณีที่มีคุณภาพสวยงามยิ่งขึ้น เช่น Created Emerald (มรกตขึ้นรูปใหม่) หรือการนำอัญมณีที่มีขนาดเล็กมาผ่านกระบวนการขึ้นรูปให้ใหญ่ขึ้น เช่น Ambroid (อำพัน) เป็นต้น
จ.อัญมณีประกบ (Composite Stone) เป็นการนำอัญมณีตั้งแต่สองชิ้นมาประกับติดกัน บางครั้งอาจมีการนำอัญมณีธรรมชาติไว้เป็นส่วนบน และอัญมณีสังเคราะห์ไว้ส่วนล่าง เพื่อลวงผู้บริโภค